Thời kỳ đầu: nổi loạn

Ngay lập tức, Mộ Dung Thùy đã tiến hành giao tranh để chiếm các lãnh thổ của Tiền Yên trước đó. Cả ông và Mộ Dung Nông đều nhanh chóng chiếm được nhiều thành, Lạc Dương và Nghiệp Thành vì thế bị cô lập. Phù Phi đã cố thuyết phục Mộ Dung Thùy chấm dứt cuộc nổi loạn song ông đã từ chối, và Mộ Dung Thùy còn thuyết phục ngược Phù Phi là hãy rời khỏi Nghiệp Thành để bảo toàn lực lượng; Phù Phi từ chối và Mộ Dung Thùy cho bao vây Nghiệp Thành. Tiền Tần nay phải đối mặt cả với cuộc nổi dậy của Mộ Dung Hoằng và Mộ Dung Xung, cùng với Diêu Trường ở phía tây, Nghiệp Thành vì thế không thể nhận được bất cứ tiếp viện nào, tuy vậy Mộ Dung Thùy vẫn không thể chiếm thành một cách nhanh chóng. Khi Trạch Bân thất vọng vì không được trao cho chức thừa tướng và nghĩ đến việc quay sang Tiền Tần, Mộ Dung Thùy đã giết chết ông ta. Cháu trai của Địch Bân là Địch Chân (翟真) đã nổi loạn chống lại Hậu Yên, và trong vài năm tiếp theo, trong khi phải chiến đấu với tàn dư của Tiền Tần, Mộ Dung Thùy cũng phải giao chiến với quân Đinh Linh của Trạch Chân và sau đó là Địch Thành (翟成) và Địch Liêu (翟遼). Một thời gian ngắn vào đầu năm 385, ông cũng phải chiến đấu với quân Tấn, Đông Tấn lúc đó đã chiếm được hầu hết lãnh thổ ở phía nam của Hoàng Hà và đang tạm thời liên minh với Phù Phi. Tương lai của nước Hậu Yên lúc đó thật không sáng sủa. Tuy nhiên, sau khi di chuyển về phía bắc để bình định phần lớn khu vực này là Hà Bắc, Mộ Dung Thùy cuối cùng cũng đã có thể chiếm Nghiệp Thành vào cuối năm 385 khi Phù Phi bỏ thành vào chạy về phía tây rồi xưng đế. Trong khi các ổ kháng cự của Tiền Tần vẫn còn, đến cuối năm 385 thì Tiền Yên đã kiểm soát phần lớn các lãnh thổ ở phía bắc Hoàng Hà và phía đông Thái Hành Sơn.

Thời kỳ giữa: Cố thủ Hậu Yên

Khoảng tết năm 386, Mộ Dung Thùy quyết định xây dựng lại Trung Sơn (中山, nay thuộc Bảo Định, Hà Bắc), đang do Mộ Dung Ôn (慕容溫) quản lý, để làm kinh thành. Ông cũng xưng làm hoàng đế.

Năm 386, Thác Bạt Khuê, một hậu duệ của hoàng tộc nước Đại, đã tuyên bố phục quốc Đại vào đầu năm song sau đó lại xưng làm Ngụy vương (do vậy lập nước Bắc Ngụy) song phải đối mặt với các cuộc nổi loạn và rối ren nội bộ, đã khuất phục trước Mộ Dung Thùy và nhận làm chư hầu để tìm kiếm sự trợ giúp của Hậu Yên. Mộ Dung Thùy đã cử Mộ Dung Lân đến cứu viện và vì thế mà Bắc Ngụy được bảo vệ.

Năm 387, con trai út của Mộ Dung Thùy là Mộ Dung Nhu (慕容柔), và các con trai của Mộ Dung Bảo là Mộ Dung Thịnh và Mộ Dung Hội (慕容會) đã chạy trốn từ Tây Yên về Hậu Yên, nước Tây Yên ở vùng Sơn Tây ngày nay và khi đó do một người họ hàng xa của Mộ Dung Thùy là Mộ Dung Vĩnh cai quản. Cuối năm đó, tất cả hậu duệ của Mộ Dung Thùy và Mộ Dung Tuấn còn lưu lại Tây Yên đều đã bị Mộ Dung Vĩnh thảm sát.

Sau đó cũng trong năm 387, Mộ Dung Thùy đích thân dẫn quân đi đánh Trạch Liêu, quân Đinh Linh khi đó đang chiếm quận Lê Dương (黎陽, gần tương ứng với Hạc Bích, Hà Nam hiện tại), và Trạch Bích đã phải chịu khuất phục. Tuy nhiên, sau đó Địch Liêu lại nổi loạn và đến năm 388 lại định đầu hàng song lần này Mộ Dung Thùy đã từ chối, Trạch Liêu do vậy tự xưng làm "Thiên vương" của nước Trạch Ngụy.

Năm 388, Mộ Dung Thùy ở tuổi 62, đã giao nhiều quyền lực thường ngày cho Mộ Dung Bảo, lúc đó đang là thái tử, và chỉ đích thân quyết định các vấn đề quan trọng. Ông lập Đoàn Nguyên Phi, cháu gái của hai người vợ trước đã quá cố, làm hoàng hậu.

Thời kỳ sau: khiến quốc gia suy sụp

Năm 391, một sự kiện đã xảy ra và nó đã khiến cho quan hệ giữa Hậu Yên và Bắc Ngụy tan vỡ. Năm đó, Thác Bạt Khuê cử em trai là Thác Bạt Cô (拓拔觚) đến Hậu Yên triều cống, và các hoàng tử của Mộ Dung Thùy đã giam giữ Thác Bạt Cô và lệnh cho Thác Bạt Khuê phải giao ngựa để đổi lấy tự do cho em trai. Thác Bạt Khuê đã từ chối và tuyệt giao quan hệ với Hậu Yên và quay sang liên minh với Tây Yên.

Năm 392, sau khi Địch Liêu và con trai là Địch Chiêu tấn công vào vùng biên giới của Hậu Yên, Mộ Dung Thùy đã đích thân dẫn quân đi đánh kinh thành Hoạt Đài (滑台, nay thuộc An Dương, Hà Nam) của Trạch Ngụy. Trạch Chiêu tìm kiếm sự trợ giúp từ Tây Yên song Mộ Dung Vĩnh đã từ chối cử quân đi cứu viện, vì thế Mộ Dung Thùy đã có thể nhanh chóng vượt Hoàng Hà và chiếm Hoạt Đài, diệt nước Trạch Ngụy.

Đến mùa đông năm 393, Mộ Dung Thùy chuyển hướng chú ý sang Tây Yên. Sau khi khiến cho Mộ Dung Vĩnh tin rằng ông sẽ đánh kinh thành Trường Tử (長子, nay thuộc Trường Trị, Sơn Tây) của Tây Yên bằng cách qua Thái Hành quan (太行關, nay thuộc Tiêu Tác, Hà Nam), song thực tế ông lại tiến theo đường qua Thiên Tỉnh quan (天井關, nay thuộc Hàm Đan, Hà Nam), và nhanh chóng tiến đến Trường Tử và bắt đầu vây thành. Mộ Dung Vĩnh tìm kiếm trợ giúp từ Đông Tấn và Bắc Ngụy, song trước khi quân hai nước này có thể đến nơi thì Mộ Dung Thùy đã chiếm được thành và giết chết Mộ Dung Vĩnh, lãnh thổ của Tây Yên bị sáp nhập và Hậu Yên.

Năm 395, do Bắc Ngụy liên tục cướp phá vùng biên giới nên Mộ Dung Thùy đã cử Mộ Dung Bảo, Mộ Dung Nông, Mộ Dung Lân, Mộ Dung Đức và Mộ Dung Thiệu dẫn khoảng 9 vạn quân đi thảo phạt Bắc Ngụy, trong đó Mộ Dung Bảo là chỉ huy. Thác Bạt Khuê đã rút quân khỏi kinh thành Thịnh Lạc (盛樂, nay thuộc Hohhot, Nội Mông) về phía tây Hoàng Hà. Quân của Mộ Dung Bảo đã đuổi theo và cuối cùng thì kiệt sức, Thác Bạt Khuê loan tin đồn thất thiệt rằng Mộ Dung Thùy đã chết, và điều này khiến quân Hậu Yên trở nên lo lắng. Trong khi đó, một số người ủng hộ của Mộ Dung Lân đã nghĩ đến việc tiến hành chính biến để giúp Mộ Dung Lân lên làm hoàng đế, và mặc dù bản thân Mộ Dung Lân không tự mình dính líu thì việc này cũng khiến hai bên nghi kị lẫn nhau. Mộ Dung Bảo do vậy quyết định rút quân. Vào mùa đông năm 395, quân Bắc Ngụy phục kích quân Hậu Yên trong trận Tham Hợp Pha, giết được nhiều quan Hậu Yên và bắt giữ phần lớn số còn lại. Mộ Dung Bảo và một số tướng lĩnh đã chạy thoát. Ban đầu, Thác Bạt Khuê định thả quân Hậu Yên bị bắt để thể hiện lòng nhân từ, song vì nghe theo lời cảnh báo của Khả Tần Kiến (可頻建) rằng nếu làm vậy sẽ cho phép quân Hậu Yên khôi phục được lực lượng một cách nhanh chóng nên Thác Bạt Khuê đã cho tàn sát tất cả lính Hậu Yên bị bắt giữ.

Mộ Dung Bảo cảm thấy bị làm nhục và khẩn cầu phụ hoàng khởi động một chiến dịch khác để chống lại Bắc Ngụy, và Mộ Dung Đức cũng khẩn cầu Mộ Dung Thùy làm như vậy. Vì thế, ông đã triệu Cao Dương vương Mộ Dung Long và Mộ Dung Thịnh quay trở lại kinh thành Trung Sơn cùng với quân tăng viện ở phía bắc của đất nước, sẵn sàng mở một cuộc tấn công chống Bắc Ngụy vào năm 396. Mộ Dung Thùy sau đó cho mở chiến dịch và nhanh chóng chiếm được Bình Thành (平城, nay thuộc Đại Đồng, Sơn Tây) của Bắc Ngụy và nhắm đến Thịnh Lạc, Thác Bạt Khuê trong hoảng loạn đã nghĩ đến việc một lần nữa bỏ Thịnh Lạc. Tuy nhiên. khi Mộ Dung Thùy dẫn quân qua Tham Hợp pha, lính Hậu Yên trông thấy thi thể của các binh lính đồng hương đã chết trong trận trước đó và bắt đầu than khóc, Mộ Dung Thùy trở nên tức giận và xấu hổ đến nỗi đã lâm bệnh. Quân Hậu Yên bắt đầu rút lui và trên đường trở lại Trung Sơn, Mộ Dung Thùy đã qua đời ở Thượng Cốc (上谷, nay thuộc Trương Gia Khẩu, Hà Bắc). Cái chết của ông đã không được thông báo cho đến khi quân Hậu Yên đến được Trung Sơn. Mộ Dung Bảo lên kế vị song chỉ ít hơn một năm sau đó, hầu hết lãnh thổ Hậu Yên đã rơi vào tay Bắc Ngụy.